Pembelajaran di SMA Muhammadiyah I di mulai pukul 06.30 hingga 15.30 selama 5 hari, yaitu Senin, Selasa, Rabu, Kamis dan Jumat. Di pagi hari, tepatnya di pintu gerbang sekolah, kepala sekolah, wakil kepala sekolah dan guru berdiri di pintu gerbang untuk menyambut putera-puteri didiknya yang baru datang. Kami berharap senyuman guru mereka bisa menjadi semangat dalam mengawali pembelajaran. Pada pukul 06.30 siswa masuk kelas untuk membaca Al-Quran. Pada kelas X Siswa membaca Al-Quran bersama-sama dan atau kadang-kadang secara bergantian. Biasanya, dalam satu tahun mereka sudah menyelesaikan sampai juz 10. Pada kelas XI 10 juz dan pada kelas XII juga 10 Juz. Pada akhir kelas XII, semua kelas akan mengadakan tasmi’ dan khatmil Quran.
Setelah membaca Al-Quran siswa bersama guru pengajar menuju masjid untuk menunaikan shalat Dzuha. Awalnya dilakukan secara berjamaah dalam rangka pendidikan. Mengingat sudah biasa, maka dikerjakan secara sendiri (munfarid). Siswa dibekali dengan doa usai shalat Dzuha dan doa-doa yang lain.
Pada pukul 07.00 siswa memulai pembelajaran di kelas hingga pukul 10.00.
10.00 – 10.30 istirahat pertama
10.30 – 12.00 pembelajaran jam ke-5 dan ke-6
12.00 – 12.45 istirahat kedua, shalat dzuhur berjamaah dan makan siang. Makan siang boleh bawa sendiri dari rumah, membeli di kantin atau katering di luar sekolah lalu dikirimkan ke sekolah. Mohon maaf, selama ini sekolah belum melayani katering makan siang kepada siswa.
12,45 – 15.00 pembelajaran jam ke-7,8 dan 9.
15.00 – 15.30 siswa menjalankan shalat ashar berjamaah, baru kemudian pulang. Insya Allah siswa SMA Muhammadiyah I Sumenep yang pulang dari sekolah dipastikan sudah shalat Ashar.
15.30 – 17.00 Siswa pulang dan biasanya ada yang langsung dilanjutkan dengan kegiatan ekstra kurikuler Tapak Suci, Futsal, Bola Basket atau yang lain sesuai dengan jadwal ekskulnya.
Tahun 2019/2020 ini, sekolah akan menyediakan layanan pembelajaran Kelas Olimpiade/UNBK/SBMPTN bagi siswa kelas X, XI dan XII. Siswa tidak dipungut biaya apapun untuk kegiatan ini. Siswa tinggal mengikuti dengan baik dan disiplin. Rencana pelaksanaan akan dilakukan sesudah jam terakhir selama 4-5 hari, yang dikemas secara santai dan nyaman. Kami berharap orang tua/wali bisa mendorong putera-puterinya untuk mengikutinya. Semua ini sebagai bekal bagi putera-puteri kita yang akan mengikuti Olimpiade, UNBK dan SBMPTN pada saat kelas XII nanti. Kelas khusus ini akan dibuat dua kelas, yaitu IPA dan IPS.
Mohon doa dari semua semoga Allah meridhai langkah kami. Amin…
